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Fonctionnaire en arrêt maladie : 48 heures pour agir, 90 % du traitement à anticiper

4 novembre 2026 Laure Simon 8 min de lecture

Un fonctionnaire en arrêt maladie doit transmettre son avis à l’administration dans les 48 heures. En congé de maladie ordinaire, son traitement indiciaire est maintenu à 90 % pendant les trois premiers mois, puis à 50 % pendant les neuf mois suivants, sous réserve des droits déjà utilisés. Le jour de carence, les primes et les éventuelles prolongations modifient toutefois le montant réellement versé.

Ces règles concernent les fonctionnaires des trois versants : État, territoriale et hospitalière. Les contractuels relèvent d’un régime différent ; pour les stagiaires, certaines conséquences sur la carrière et la fin du congé sont particulières.

Table des matières

Transmettre l’arrêt sans exposer ses données médicales

Le congé de maladie ordinaire, ou CMO, permet au fonctionnaire dont l’état de santé empêche de travailler de cesser temporairement ses fonctions. Il concerne notamment une maladie ou un accident sans lien reconnu avec le service. L’arrêt est prescrit par un professionnel habilité : médecin, chirurgien-dentiste ou sage-femme, dans son champ de compétence.

Testez vos connaissances sur l’arrêt maladie dans la fonction publique

Quiz de 6 questions à choix multiple.

L’article source n’étant pas fourni, ce quiz vérifie uniquement les thèmes explicitement indiqués dans la demande. Il ne précise aucun délai, durée ni taux de rémunération.

Question 1 sur 6 Score : 0 / 6

1. Le délai de transmission fait-il partie des thèmes à traiter ? Non, seul le jour de carence est cité. Oui, le délai de transmission est cité. Non, seuls les types de congé sont cités.

2. Que précise la demande au sujet des volets à envoyer ? Leur nombre exact. Le destinataire de chaque volet. Que ce sujet doit être abordé, sans détail sur les volets.

3. Quel élément relatif au CMO est explicitement cité comme thème ? Sa durée. Son montant forfaitaire. Son formulaire de renouvellement.

4. Quelle information sur la rémunération est prévue parmi les thèmes ? Le montant d’une prime annuelle. Les paliers de rémunération. Le calcul des cotisations de retraite.

5. Le jour de carence est-il un thème cité ? Non, il n’est pas mentionné. Seulement pour le CLD. Oui, il est mentionné.

6. Quels sigles sont cités pour comparer différents types de congé ou de situation ? CMO, CLM, CLD et CITIS. CMO, RTT, CET et CITIS. CLM, congé parental, temps partiel et CLD.

Prévenez rapidement votre responsable selon la procédure du service.
Adressez les volets 2 et 3 à l’administration dans les 48 heures suivant l’établissement de l’arrêt.
Conservez le volet 1, qui comporte les informations médicales, pour un éventuel contrôle.
Gardez une preuve datée de transmission, y compris avec un portail RH.

Une prolongation nécessite également un avis médical transmis dans le même délai. Un simple message annonçant que vous restez malade ne remplace pas ce document. Vérifiez auprès des ressources humaines le canal accepté : l’envoi à votre supérieur ne vaut pas nécessairement transmission au service compétent.

Un retard peut avoir une conséquence financière

Au premier envoi tardif, l’administration vous informe du retard et des conséquences d’une récidive. Un nouvel envoi tardif dans les 24 mois peut entraîner une réduction de moitié de la rémunération concernée entre la prescription et l’envoi. Cette retenue ne porte pas automatiquement sur tout le mois ; certains éléments, notamment le supplément familial de traitement, sont exclus de son assiette.

Cette réduction ne s’applique pas en cas d’hospitalisation ou d’impossibilité justifiée de transmettre l’arrêt. Hors hospitalisation, vous disposez de 8 jours pour justifier cette impossibilité. Prévenez l’employeur dès que possible et conservez les justificatifs.

Calculer la perte de salaire au-delà du seul pourcentage

Le CMO peut atteindre un an sur une période de douze mois consécutifs. L’administration verse 90 % du traitement indiciaire brut pendant trois mois, puis 50 % pendant neuf mois. Il ne s’agit pas nécessairement de trois nouveaux mois à 90 % à chaque arrêt : les congés précédents sont pris en compte sur les 365 ou 366 jours de référence.

Tu travailles dans la fonction publique et tu te demandes quelle est la différence entre un CMO et un CLM ?

La paie est calculée en trentièmes : les droits correspondent à 90 trentièmes à 90 %, puis 270 trentièmes à 50 %. Si 60 trentièmes à 90 % sont déjà consommés dans la période retenue, il n’en reste que 30, sous réserve de l’évolution de cette période.

Carence, primes et montant réellement versé

En principe, le premier jour d’un arrêt est un jour de carence non rémunéré. Il compte néanmoins dans les droits à congé. Une prolongation ne déclenche pas systématiquement une nouvelle carence. Celle-ci ne s’applique notamment pas lorsque deux arrêts pour la même cause sont séparés par une reprise ne dépassant pas 48 heures. D’autres exceptions existent, notamment pour certains congés ou certaines situations médicales.

Pour un traitement indiciaire brut mensuel de 2 000 euros, 90 % représentent 1 800 euros et 50 % représentent 1 000 euros, avant cotisations et éventuelle carence. Ce calcul n’est pas une estimation du salaire net : indemnité de résidence, supplément familial, NBI et primes suivent leurs propres règles.

Pour anticiper votre budget, raisonnez comme avec un ciseau : séparez sur votre bulletin la partie indiciaire de la partie indemnitaire. Appliquez le pourcentage à la première, puis faites confirmer le sort de chaque prime par les RH. Cette découpe évite l’erreur consistant à multiplier tout son salaire net habituel par 90 %, alors qu’une indemnité liée à l’exercice effectif des fonctions peut diminuer autrement.

Dans la fonction publique d’État, le maintien des primes dépend des textes applicables. Dans la territoriale, vérifiez aussi la délibération de la collectivité ; dans l’hospitalière, les règles propres aux indemnités concernées. Une garantie de prévoyance peut compléter les revenus selon le contrat.

Identifier le congé adapté lorsque la maladie se prolonge

Un arrêt prolongé ne doit pas être examiné uniquement comme une succession de CMO. Selon la gravité de l’affection ou son lien avec le travail, un autre congé peut être pertinent. Son attribution nécessite une procédure spécifique : elle n’est pas automatique après plusieurs renouvellements.

Congé	Situation concernée	Durée et rémunération indiciaire
CMO	Maladie ou accident non professionnel empêchant de travailler	Un an maximum : trois mois à 90 %, puis neuf mois à 50 %
CLM	Affection invalidante et grave nécessitant des soins prolongés	Trois ans maximum : un an à plein traitement, puis rémunération variable selon le versant
CLD	Certaines affections limitativement prévues	Généralement cinq ans maximum : trois ans à plein traitement, puis deux ans à demi-traitement
CITIS	Accident de service, de trajet ou maladie professionnelle reconnu imputable au service	Maintien du traitement jusqu’à la reprise ou à la retraite, selon les conditions applicables

Pour le CLM, les deux années suivantes sont rémunérées à 60 % du traitement dans la fonction publique d’État, contre 50 % dans les fonctions publiques territoriale et hospitalière. Ne transposez donc pas une fiche propre à un versant à votre situation.

Le CLD concerne cinq catégories d’affections : tuberculose, maladie mentale, affection cancéreuse, poliomyélite et déficit immunitaire grave et acquis. Le CITIS suppose, lui, une déclaration et l’examen de l’imputabilité au service. Le jour de carence du CMO ne s’applique pas à ces trois congés.

Respecter les contrôles et contester une décision défavorable

L’administration peut demander une contre-visite auprès d’un médecin agréé. Un examen de contrôle est prévu au-delà de six mois consécutifs de CMO. Vous devez vous soumettre aux examens demandés : un refus peut entraîner l’interruption de la rémunération. Signalez immédiatement toute impossibilité médicale de déplacement et demandez des modalités adaptées.

Le médecin agréé vérifie la justification médicale du congé ; il ne remplace pas votre médecin traitant pour les soins. Le conseil médical intervient dans les situations prévues par les textes, notamment pour certaines contestations et décisions relatives aux congés ou à l’aptitude.

En cas de désaccord, demandez la décision écrite et ses motifs administratifs. Selon l’objet du litige, une saisine du conseil médical, un recours administratif ou un recours devant le tribunal administratif peut être envisageable. Respectez les voies et délais indiqués dans la notification. La fiche de Service-Public consacrée au congé de maladie du fonctionnaire et votre service RH permettent de vérifier la procédure applicable.

Préparer la reprise sans attendre l’épuisement des droits

Après douze mois consécutifs de CMO, la reprise nécessite un avis favorable du conseil médical. Anticipez cette échéance avec les RH et la médecine du travail ou de prévention : adaptation du poste, aménagement des conditions de travail ou temps partiel thérapeutique peuvent être examinés selon votre état.

Si reprendre l’ancien poste est impossible, un reclassement peut être recherché. Selon le caractère temporaire ou définitif de l’inaptitude, une disponibilité d’office pour raison de santé ou une retraite pour invalidité peut être envisagée. Aucune de ces issues ne doit être considérée comme automatique.

Le CMO est pris en compte pour l’avancement et, en principe, pour la retraite. Des limites spécifiques existent toutefois pour certains dispositifs, notamment la retraite anticipée pour carrière longue. Il ne génère pas de RTT au titre du travail effectif. Les congés annuels non pris en raison de la maladie peuvent bénéficier d’un report encadré : demandez un décompte écrit de vos droits, de leur échéance et de votre rémunération avant la reprise.